服务器通常托管给第三方进行管理。但是网站的文件要由网站制作方管理并上传。服务器管理主要包括目录管理、紧急响应和动态维护。
服务器的目录管理是网姑管理的重要内容。目前，网站的内容通常在数据库和网页文件中。网站的网页是建立在文件目录管理的基础上的。遵照目录有序原则；可减少内容维护和更新的间接成本，减少加载和刷新内容所需的时间。如商品的相关页面存放在product目录下，新闻的相关页面存放在news目录下，而和商品相关的图片存放在product/image目录下，和商品相关的Flash文件或者movie文件存放在product/movie目录下，和商品相关的文本文件和word文件存放在product/files目录下，这样在进行网站维护时，将非常方便。具体操作有以下两方面：
合理分类：目录管理的目的是为了实现对网站文件的有序管理，因此指定合理的分类标准是做好目录管理的第一步。
定期清理：一个网站在维护过程中或多或少要对文件进行修改，而每次修改的时候都要对文件进行备份。时间长了，网站各个文件夹中就会慢慢地有一些早已过时的备份，这就是垃圾文件。大量的垃圾文件容易让整个网站的目录管理显得无序。
紧急响应是当网站服务器出现异常的时候才需要考虑的。例如，系统被入侵或者其他原因导致的服务器死机。如果出现这种情况，应当立即使系统恢复正常工作。这项工作要求平时对系统的备份及灾难恢复工作做得很好。另外，需要协助检查和追踪入侵来源。服务器发生异常都有必然的原因。作为网站管理人员必须检明原因，只有这样才可以避免同类问题的再次发生。如果希望更完备，那么可以建立事故分析报告和自己的紧急响应报告文档，这样在下次遇到类似的问题时能有借鉴的经验。往往一个问题被发现意味着还有很多隐患问题。根据安全建议去预防潜在问题的发生，能在很大程度上杜绝服务器异常，从而降低紧急响应频度。
对网站而言，很多时候需要在运行过程中解决维护问题。动态维护建立在已经拥有完整管理系统的基础上，一般在平时进行。动态网页维护是指通过数据库在后台管理网页内容。访问时通过程序把数据库中的内容加载到相应的模块中形成网页。这种方式使得网站的日常维护简单明了，但要耗费大量的主机资源来动态生成网页，影响主机的性能。
